Organisasi dan tata kerja Institut Agama Hindu Negeri Gde Pudja Mataram telah mendapat Persetujuan Menteri Pendayagunaan Aparatur Negara dan Reformasi Birokrasi sesuai dengan surat Nomor B/1032/M.KT.01/2020 mengenai Organisasi dan Tata Kerja pada 5 (lima) Perguruan Tinggi Keagamaan Negeri di Lingkungan Kementerian Agama. Berdasarkan surat tersebut maka pengelolaan organisasi di sektor-sektor civitas akademika sudah terbentuk salah satunya adalah struktur organisasi jurusan Brahma Widya. Tujuan dari pembagian pengelolaan organisasi ini adalah agar mempermudah instansi dalam pengelolaan tugas dan tanggung jawab.